Sejarah keberadaan SMA Islam Nusantara, bermula dari berdirinya SMA Wahid Hasyim yang didirikan oleh Yayasan Taman Pendidikan Al-Islam Wahid Hasyim Malang melalui surat keputusan nomor: 90/YTPI WH/Mrt/1980 tertanggal 10 Maret 1980. Sehingga ditetapkanlah pada tanggal tersebut (10 Maret 1980) sebagai hari berdirinya SMA Wahid Hasyim. Tujuan dari YTPI Wahid Hasyim mendirikan SMA ini adalah sebagai berikut.

1. Memberikan bimbingan kepada anak didik dalam ilmu pengetahuan.
2. Mendidik siswa menjadi warga negara yang rajin bekerja, sadar akan kewajiban, jujur dalam pikiran dan perbuatan.
3. Mempertinggi kesadaran beragama (ahlussunnah wal jamaah) bermasyarakat dan bernegara.
4. Membina anak didik agar hormat dan cinta kepada kedua orang tua, keluarga, dan sesama.
5. Memberikan pendidikan keterampilan untuk bekal hidup di masyarakat.

SMA Wahid Hasyim Malang memulai kegiatan belajar dan mengajar terhitung mulai tanggal 17 Juli 1980 (Tahun Ajaran 1980/1981), menempati sebagian gedung Universitas Sunan Giri (Sekarang Universitas Islam Malang – baca sejarah UNISMA) di jalan Mayjen Haryono 193. Siswa pada angkatan pertama berjumlah 26 orang, jumlah yang relatif sedikit untuk mengawali berdirinya sebuah sekolah. Semua sarana dan prasarana pada saat itu sangatlah sederhana. Bahkan ruang-ruang kelas pada saat itu bisa dibilang sempit. Tetapi, dengan adanya ikhtiar dan kerjasama dari semua warga sekolah maka semua hambatan tersebut dapat dilalui dengan kebersamaan, keikhlasan, dan kerukunan.

Tetapi, terhitung pada akhir tahun 2011 SMA Wahid Hasyim Malang dalam proses alih kelola dari Yayasan Taman Pendidikan Al-Islam Wahid Hasyim Malang kepada Yayasan Universitas Islam Malang dengan tujuan untuk pengembangan sekolah lebih lanjut. Terbukti dengan diterbitkannya Akta Notaris Nomor 71 Tanggal 29 Februari 2012 yang diterbitkan oleh Kantor Notaris Sulisiyah Amini di Malang secara resmi SMA Wahid Hasyim telah berada dibawah naungan Yayasan Universitas Islam Malang. Sebagai salah satu bentuk usaha dari Yayasan Universitas Islam Malang untuk mengembangkan sekolah ini, maka diterbitkanlah Surat Keputusan Pengurus Yayasan Universitas Islam Malang Nomor: 001/KEP.15/Y.06/II/2016 tertanggal 20 Februari 2016 yang menerangkan bahwa terhitung sejak tahun pelajaran 2016/2017 nama SMA Wahid Hasyim Malang telah diubah menjadi SMA Islam Nusantara Malang (SMAINUS). Terhitung sejak artikel sejarah ini diterbitkan proses pergantian nama masih berlangsung.